תכנית אבני פינה החלה את דרכה כתכנית ניסיונית בשנת תש"ע. בתחילת דרכה נתמכה על ידי קרן מנדל. בראש התכנית בשנותיה הראשונות (תש"ע-תשע"ג) עמד פרופ' עודד נבון מהמכון למדעי כדור הארץ. בשנים תשע"ג-תשע"ח עמד בראש התכנית פרופ' נחמן בן-יהודה מהמחלקה לסוציולוגיה ואנתרופולוגיה. החל משנת תשע"ט עומד בראש התכנית פרופ' מיכאל ברנדייס מן המכון למדעי החיים; מסייעות בידו מרח טובאל וליאור סיגל.
בסוף שנת הלימודים תשע"ב נוטרה התכנית הניסיונית על-ידי ועדת ניטור שהוקמה להערכת התכנית בראשות פרופ' מנחם מגידור. דו"ח ועדת הניטור הוגש לוועדה המתמדת של האוניברסיטה אשר אישרה את תום השלב הניסויי ואישרה את המשך הפעלת תכנית אבני פינה.